Сначала Фьюри работал в секретной организации под названием "Оружие Икс" и помогал полковнику Джону Райту в осуществлении, его планов относительно Мутантов. Но после того как один из мутантов - Росомаха - спас ему жизнь, Фьюри изменил свои взгляды относительно проблемы мутантов. Он понял, что не все мутанты — представляют угрозу, для национальной безопасности.

Через некоторое время, Фьюри начал работать в тесном сотрудничестве со шпионом Клинтом Бартоном, чтобы развивать S.H.I.E.L.D., (международная организация безопасности на основе высоких технологий). В то время руководителем Щита был Генерал Росс. Фьюри участвовал в войне в Заливе, в течение которой он потерял глаз. Когда новое возрождение американской программы суперсолдата было не в состоянии привести к результатам в течение шести лет. Фьюри настаивал, чтобы частные предприятия предложили конкурентоспособные предложения развить необходимую технологию и процедуры. Компании, типа Озкорпа Нормона Осборна соперничали за этот правительственный контракт. Тем временем, S.H.I.E.L.D. развивал технологию, некоторых из правительственных оперативных работников, известных как Ultimates. Фьюри лично сокращал связи между S.H.I.E.L.D. и Оскорпом, разжигая тем самым ненависть Осборна который вскоре превратил себя в Зеленого Гоблина.

Когда Генерал Росс ушел из руководства S.H.I.E.L.D., Фьюри, занял его место. Используя свои полномочия, Фьюри устроил вторжение Щита в "Оружие X" и затем закрыл его негуманные операции и лично казнил лидера организации Джона Райта. В последствии операции, Фьюри установил мирные отношения с Людьми Икс и принял на работу Ртуть и Алую Ведьму. Вследствие чего, лидеры Братства Мутантов, стали тайными правительственными оперативными работниками. Фьюри также участвовал в различных действиях сомнительной законности в его поисках передовой технологии, он пытался украсть технологии Тони Старка (Железный Человек).

С тех пор он понес одну потерю за другой, поскольку его связи с Людьми Икс становились более незначительными, и его друг Человек Паук начал казаться больше потенциальной угрозой, нежели союзником. Также масла в огонь, подлили Ultimates которые перенесли дополнительный скандал. Их растущая международная деятельность принудила некоторых, расценивать Фьюри как неуправляемое орудие, готовое разжечь сверхчеловеческую мировую войну. Чтобы избежать, скандала Фьюри инсценировал собственную смерть, это убийство вскоре было расценено как самое смертельное политическое убийство на Земле. После инсценировки собственной смерти он стал вести дела все более конфиденциально, поэтому обязанности Фьюри к США и миру, становятся более тяжелыми каждый день, и еще неизвестно, как далеко он готов зайти, чтобы выполнить их.