Cюжет Marvel Heroes вращается вокруг небезызвестного Доктора Дума (Dr. Doom), который сумел получить Космический Куб, и одному лишь Богу известно, что Дум планирует сделать с объектом беспрецедентной мощи.

В третьей части Дум "посещает" Stark Enterprises, чтобы получить новую информацию для своих поисков абсолютной власти во вселенной.